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Enregistrement W4390838386 · doi:10.1101/2024.01.12.24301195

The Gut Microbiome Strongly Mediates the impact of Lifestyle combined variables on Cardiometabolic Phenotypes

2024· preprint· en· W4390838386 sur OpenAlexaff
Solia Adriouch, Eugeni Belda, T.D. Swartz, Sofia K. Forslund, Tiphaine Le Roy, Edi Prifti, Judith Aron‐Wisnewsky, Rima Chakaroun, Trine Nielsen, Petros Andrikopoulos, Kanta Chechi, Francesc Puig‐Castellví, Philippe Froguel, Bridget Holmes, Rohia Alili, Fabrizio Andréelli, Hédi Soula, Joe‐Elie Salem, Gwen Falony, Sara Vieira‐Silva, Gianluca Galazzo, Jeroen Raes, Peer Bork, Michael Stümvoll, Oluf Pedersen, S. Dusko Ehrlich, Marc‐Emmanuel Dumas, Jean‐Michel Oppert, Maria Carlota Dao, Jean‐Daniel Zucker, Karine Clément

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill Genome Centre
Organismes subventionnairesInstitut de Cardiométabolisme et NutritionNUTRIM School of Nutrition and Translational Research in MetabolismMedical Research CouncilFondation pour la Recherche MédicaleAgence Nationale de la RechercheEuropean CommissionFondation LeducqDeutsche ForschungsgemeinschaftDeutsches Zentrum für Herz-Kreislaufforschung
Mots-clésMicrobiomeMetabolomeBiologyPhenotypeGut microbiomeGut floraMetabolomicsButyrateGeneticsGeneComputational biologyBioinformaticsImmunologyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Individual lifestyle factors moderately impact the gut microbiome and host biology. This study explores whether their combined influence significantly alters the gut microbiome and determines the mediating role of the gut microbiome in the links between lifestyle and phenomes. Analyzing 1,643 individuals from the Metacardis European study, we created a non-exhaustive composite lifestyle score (QASD score) incorporating diet quality and diversity, physical activity and smoking. This score shows higher explanatory power for microbiome composition variation compared to individual lifestyle variables. It positively associates with microbiome gene richness, butyrate-producing bacteria, and serum metabolites like Hippurate linked metabolic health. It inversely associates with Clostridium bolteae and Ruminococcus gnavus, serum branched-chain amino acids and dipeptides observed in chronic diseases. Causal inference analyses found 135 cases where the microbiome mediates >20% of QASD score effects on host metabolome. Microbiome gene richness also emerged as a strong mediator in the QASD score’s impact on markers of host glucose metabolism (27.3% of the effect on HOMA- IR), despite bidirectional associations between the microbiome and clinical phenotypes. This study emphasizes the importance of combining lifestyle factors to understand their collective contribution to the gut microbiota and the mediating effects of the gut microbiome on the impact of lifestyle on host metabolic phenotypes and metabolomic profiles.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,025

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,270 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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