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Enregistrement W4390846299 · doi:10.19080/arr.2023.08.555770

A Solution for Ambient Storage of DNA

2023· article· en· W4390846299 sur OpenAlexaff
John H. Phillips

Notice bibliographique

RevueAnnals of Reviews & Research · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMolecular Biology Techniques and Applications
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésConcordance correlation coefficientConcordanceSample (material)DNAChromatographyCorrelation coefficientAnalytical Chemistry (journal)MathematicsBiologyChemistryStatisticsBioinformaticsGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The need for a solution for room temperature storage of DNA is well known. Studies were conducted to assess stability of EBV DNA using Daykin Molecular Solutions GeneGuardDNA (Georgia). All laboratory testing was done at Prime Laboratories in Van Nuys California. The objective is to demonstrate sample stability of EBV DNA during shipping, storage, and multiple freeze/thaw cycles. To achieve the objectives, the study was divided into two parts; Part 1 to demonstrate stability during shipping and multiple freeze/thaw cycles. Samples were labeled as P1-1 (Positive sample 1, P1-2 first freeze/thaw, P1-3 second freeze/thaw, etc.). In Part 1 the standard deviation between positive samples ranged from 0.08 CTs to 0.25 CTs with no gradual deterioration detected with more freeze/thaw cycles). The average was 0.17 CT’s which is within the instrument’s precision range. In the past we have had no instance of repeating the same extracted sample more than two times. In Part 2 we demonstrated stability during storage. 185 archived clinical samples stored at room temperature from 2013 through 2017 were randomly chosen. DNA was extracted from these samples and EBV DNA assay testing was performed. The results from the new test were compared to the original results obtained for the samples. Concordance and p values were calculated to show the effects of long-term storage on the results of the EBV DNA assay. Pearson correlation coefficient between the original and recent assay results was 0.9564 with a p value of p<0.001 indicating statistically significant correlation between the two assay results. EBV DNA showed no deterioration of sample Ct signal was observed due to Freeze/Thaw cycles and the results were stable across multiple cycles for a period of 6 years at room temperature.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,050
Score d'incertitude au seuil0,168

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0030,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0500,049

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,268
Tête enseignante GPT0,508
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
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