Driver mutation zygosity is a critical factor in predicting clonal hematopoiesis transformation risk
Notice bibliographique
Résumé
Clonal hematopoiesis (CH) can be caused by either single gene mutations (eg point mutations in JAK2 causing CHIP) or mosaic chromosomal alterations (e.g., loss of heterozygosity at chromosome 9p). CH is associated with a significantly increased risk of hematologic malignancies. However, the absolute rate of transformation on an annualized basis is low. Improved prognostication of transformation risk is urgently needed for routine clinical practice. We hypothesized that the co-occurrence of CHIP and mCAs at the same locus (e.g., transforming a heterozygous JAK2 CHIP mutation into a homozygous mutation through concomitant loss of heterozygosity at chromosome 9) might have important prognostic implications for malignancy transformation risk. We tested this hypothesis using our discovery cohort, the UK Biobank (n = 451,180), and subsequently validated it in the BioVU cohort (n = 91,335). We find that individuals with a concurrent somatic mutation and mCA were at significantly increased risk of hematologic malignancy (for example, In BioVU cohort incidence of hematologic malignancies is higher in individuals with co-occurring JAK2 V617F and 9p CN-LOH; HR = 54.76, 95% CI = 33.92-88.41, P < 0.001 vs. JAK2 V617F alone; HR = 44.05, 95% CI = 35.06-55.35, P < 0.001). Currently, the 'zygosity' of the CHIP mutation is not routinely reported in clinical assays or considered in prognosticating CHIP transformation risk. Based on these observations, we propose that clinical reports should include 'zygosity' status of CHIP mutations and that future prognostication systems should take mutation 'zygosity' into account.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».