Population genomic analyses reveal high diversity, recombination and nosocomial transmission among Candida glabrata (Nakaseomyces glabrata) isolates causing invasive infections
Notice bibliographique
Résumé
Candida glabrata is a commensal yeast of the gastrointestinal tract and skin of humans. However, it causes opportunistic infections in immunocompromised patients, and is the second most common Candida pathogen causing bloodstream infections. Although there are many studies on the epidemiology of C. glabrata infections, the fine- and large-scale geographical nature of C. glabrata remain incompletely understood. Here we investigated both the fine- and large-scale population structure of C. glabrata through genome sequencing of 80 clinical isolates obtained from six tertiary hospitals in Qatar and by comparing with global collections. Our fine-scale analyses revealed high genetic diversity within the Qatari population of C. glabrata and identified signatures of recombination, inbreeding and clonal expansion within and between hospitals, including evidence for nosocomial transmission among coronavirus disease 2019 (COVID-19) patients. In addition to signatures of recombination at the population level, both MATa and MATα alleles were detected in most hospitals, indicating the potential for sexual reproduction in clinical environments. Comparisons with global samples showed that the Qatari C. glabrata population was very similar to those from other parts of the world, consistent with the significant role of recent anthropogenic activities in shaping its population structure. Genome-wide association studies identified both known and novel genomic variants associated with reduced susceptibilities to fluconazole, 5-flucytosine and echinocandins. Together, our genomic analyses revealed the diversity, transmission patterns and antifungal drug resistance mechanisms of C. glabrata in Qatar as well as the relationships between Qatari isolates and those from other parts of the world.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».