Structural basis for the allosteric behaviour and substrate specificity of Lactococcus lactis Prolidase
Notice bibliographique
Résumé
Prolidase (EC 3.4.13.9) is an enzyme that specifically hydrolyzes Xaa-Pro dipeptides into free amino acids. We previously studied kinetic behaviours and solved the crystal structure of wild-type (WT) Lactococcus lactis prolidase (Llprol), showing that this homodimeric enzyme has unique characteristics: allosteric behaviour and substrate inhibition. In this study, we focused on solving the crystal structures of three Llprol mutants (D36S, H38S, and R293S) which behave differently in v-S plots. The D36S and R293S Llprol mutants do not show allosteric behaviour, and the Llprol mutant H38S has allosteric behaviour comparable to the WT enzyme (Hill constant 1.52 and 1.58, respectively). The crystal structures of Llprol variants suggest that the active site of Llprol formed with amino acid residues from both monomers, i.e., located in an interfacial area of dimer. The comparison between the structure models of Llprol indicated that the two monomers in the dimers of Llprol variants have different relative positions among Llprol variants. They showed different interatomic distances between the amino acid residues bridging the two monomers and varied sizes of the solvent-accessible interface areas in each Llprol variant. These observations indicated that Llprol could adapt to different conformational states with distinctive substrate affinities. It is strongly speculated that the domain movements required for productive substrate binding are restrained in allosteric Llprol (WT and H38S). At low substrate concentrations, only one out of the two active sites at the dimer interface could accept substrate; as a result, the asymmetrical activated dimer leads to allosteric behaviour.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».