Size‐dependent community patterns differ between microbial eukaryotes and bacteria in a permafrost lake–river–sea continuum
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Microbial communities play a crucial role in ecosystem functioning, with contributions that can vary among taxonomic domains and size fractions. However, microbial assembly processes for bacteria and eukaryotes are seldom characterized together using size fractionation, especially in flowing waters. Here, we used amplicon sequencing combined with physicochemical measurements to determine how size fractionated (small fraction 0.22–3 μ m; large fraction > 3 μ m) community structure and diversity varied over a subarctic river continuum. We sampled the Sheldrake River, a 25 km river flowing through degrading discontinuous permafrost, from its lacustrine source through subarctic forest shrub tundra to its discharge plume in eastern Hudson Bay (Nunavik, Canada). Microbial community structure differed by size fraction and among habitats, with differences in the variables potentially driving community structure among size fractions and microbial domains. For the small size fraction, colored dissolved organic matter was a significant covariate of community variation for both bacteria and eukaryotes, consistent with the influence of landscape gradients. There were contrasting diversity patterns along the lake–river transect between bacterial size fractions. An abundance‐based approach indicated that for all communities, assembly processes were dominated by homogeneous selection, while an incidence‐based method showed dominance of heterogeneous selection for bacteria and homogenizing dispersal for microbial eukaryotes. Our findings show how different components of riverine microbial communities can have divergent patterns along the downstream continuum to the sea.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».