Responsive Alternative Splicing Events of Opisthopappus Species against Salt Stress
Notice bibliographique
Résumé
Salt stress profoundly affects plant growth, prompting intricate molecular responses, such as alternative splicing (AS), for environmental adaptation. However, the response of AS events to salt stress in Opisthopappus (Opisthopappus taihangensis and Opisthopappus longilobus) remains unclear, which is a Taihang Mountain cliff-dwelling species. Using RNA-seq data, differentially expressed genes (DEGs) were identified under time and concentration gradients of salt stress. Two types of AS, skipped exon (SE) and mutually exclusive exons (MXE), were found. Differentially alternative splicing (DAS) genes in both species were significantly enriched in “protein phosphorylation”, “starch and sucrose metabolism”, and “plant hormone signal transduction” pathways. Meanwhile, distinct GO terms and KEGG pathways of DAS occurred between two species. Only a small subset of DAS genes overlapped with DEGs under salt stress. Although both species likely adopted protein phosphorylation to enhance salt stress tolerance, they exhibited distinct responses. The results indicated that the salt stress mechanisms of both Opisthopappus species exhibited similarities and differences in response to salt stress, which suggested that adaptive divergence might have occurred between them. This study initially provides a comprehensive description of salt responsive AS events in Opisthopappus and conveys some insights into the molecular mechanisms behind species tolerance on the Taihang Mountains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».