Liming pasture soils in the Amazon region promotes low-affinity methane oxidation by type I and II methanotrophs
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In the Amazon Forest region, cattle pastures are the main land use subsequent to deforestation. This land-use change affects the soil microbial community and methane fluxes, shifting the soil from a methane sink to a source. Soil physical and chemical attributes are changed due to slash-and-burn processes, including an increased soil pH after forest-to-pasture conversion. Without amendments, the pasture soils can become acidic again resulting in many cases in soil degradation. Liming is a standard management practice to increase soil pH while decreasing Al 3+ availability. Liming is important to recover these degraded lands and increase soil fertility, but its impact on soil methane cycling in tropical soils is unknown. Here we investigated the role of soil pH on methane uptake under high concentrations of the gas. The top layer of forest (pH 4.1) and adjacent pasture soils (pH 4.8) from the Eastern Amazon were subjected to liming treatment (final pH 5.8) and incubated with ∼10,000 ppm of 13 CH 4 for 24 days to label DNA with 13 C. Soil DNA was evaluated with Stable Isotopic Probing (SIP-DNA), methanotrophic abundance was quantified ( pmoA gene), and high throughput sequencing of 16S rRNA was performed. Liming increased the methane uptake in both forest (∼10%) and pasture (∼25%) soils. Methanotrophs Methylocaldum sp . (type I) and Beijerinckaceae (type II) were identified to actively incorporate carbon from methane in limed pasture soils. In limed forest soils, Nitrososphaeraceae , Lysobacter sp., and Acidothermus sp . were identified as 13 C-enriched taxa. The enrichment of the archaeal family Nitrososphaeraceae , known as ammonia oxidizers, is correlated with an increase of ammonia monooxygenase genes, which code for an enzyme complex with wide substrate specificity that can also perform methane oxidation. In conclusion, liming Amazonian pasture soils not only contributes to the fertility and recovery of degraded areas but also has the potential to improve the oxidation of methane at high concentrations of this gas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».