Characterization of the hoof bacterial communities in feedlot cattle affected with digital dermatitis, foot rot or both using a surface swab technique
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Lameness is defined as altered or abnormal gait due to dysfunction of the locomotor system, and is a health issue of feedlot cattle, having major economic, labour, and welfare implications. Digital dermatitis (DD-a lesion of the plantar surface of the foot) and foot rot (FR-affects the interdigital cleft) are common infectious causes of lameness in feedlots. These hoof lesions can occur alone or in combination (DD + FR) in the same hoof. A total of 208 hoof swabs were collected from three commercial feedlots located in southern Alberta. Every lesion sample was matched with a corresponding control skin sample taken from a healthy contralateral foot. Control skin samples were also collected from cattle with no lesion on any feet. Bacterial communities of three types of hoof lesions (DD, DD + FR, FR) and healthy skin were profiled using 16S amplicon sequencing. RESULTS: Alpha diversity analysis revealed a lower bacterial diversity on DD and FR lesions compared to control skin. Beta diversity analysis showed that bacterial communities of DD, FR, and DD + FR lesions were distinct from those of the control skin. While the impact of feedlot was minimal, lesion type contributed to 22% of the variation observed among bacterial communities (PERMANOVA-R = 0.22, P < 0.01). Compared to the corresponding control skin, there were 11, 12, and 3 differentially abundant (DA) bacterial genera in DD, DD + FR, and FR lesions, respectively. CONCLUSIONS: The bacterial community description of a DD + FR lesion is a novel finding. Not only did lesions lead to altered bacterial communities when compared to healthy skin, but the composition of those communities also differed depending on the hoof lesion. The 16S amplicon sequencing of surface swabs has significant value as a research tool in separating different hoof lesions and can provide additional insights to the polybacterial etiology of DD and FR in feedlot cattle.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle