Genomic characterization of cholangiocarcinoma with autoimmune etiologies.
Notice bibliographique
Résumé
531 Background: Chronic inflammation from autoimmune conditions is a well-recognized risk factor for cholangiocarcinoma in the Western world. Cholangiocarcinomas in the setting of autoimmune disease have earlier age-of-onset and worse prognosis. Currently, their biology is inadequately understood, and the risks and benefits of immunotherapy approaches in this population are unknown. We describe the clinical and genomic characteristics of a cohort of cholangiocarcinoma patients with autoimmune etiologies. Methods: In a prospective cohort of 43 patients with mismatch repair proficient cholangiocarcinoma, we performed whole-genome sequencing (WGS, n=43) and total RNA sequencing (RNA-seq, n=28). Among this cohort, 15 patients had cholangiocarcinoma with autoimmune etiologies, including primary sclerosing cholangitis (PSC, n=10), ulcerative colitis (UC, n=6), ankylosing spondylitis (AS, n=1), and Crohn’s disease (CD, n=3). Results: Patients with autoimmune conditions had a 6.46-fold higher Tumour Mutational Burden (TMB) ( P = 0.0010), characterized by higher load of indels ( P = 0.0006). TMB was greater than 10 mutations per megabase in 4 of 15 patients with autoimmune conditions and 0 of 28 patients in those without ( P = 0.0111). Autoimmune patients exhibited an enrichment in mutational signatures 5 ( P = 0.0154), 17 ( P = 0.0004), 28 ( P = 0.028) and 30 ( P = 0.0164). Despite a higher TMB, autoimmune tumours have similar patterns of driver mutations. Differential gene expression of bulk RNA-seq analysis revealed comparable transcriptional markers of immunogenicity, but autoimmune cancers are enriched in pathways involved with cell proliferation and cell-cycle checkpoints. One patient with PSC/UC was treated with gemcitabine, cisplatin, and durvalumab with a partial response, while another with Crohn’s disease had durvalumab added to gemcitabine and cisplatin at progression and experienced stable disease with a decreased CA19-9. Neither experienced immune-related adverse events. Conclusions: Cholangiocarcinoma with autoimmune etiologies have unique genomic features characterized by elevated TMB. Chemo-immunotherapy may be a novel therapeutic option in this subgroup of patients and warrants further study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».