The prognostic value of mutational signatures in pancreatic cancer.
Notice bibliographique
Résumé
689 Background: Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is associated with poor overall survival (OS), however there are significant outliers. Understanding the biological factors driving PDAC cancer may reveal new biomarkers and treatment strategies. Mutational signatures, imprinted in the cancer genome, encode the life history of the cancer and may be used to stratify tumors into clinically-relevant subgroups. Methods: In this study we performed mutational signature analysis (MutationalPatterns, COSMIC v3.3) on whole genomes from 434 PDAC patients, comprising 167 patients with resected primary tumors, and 267 advanced PDACs from patients enrolled in the COMPASS trial. We evaluated whether the mutational signatures detected associate with OS using the log-rank test in the overall cohort and stratified by disease stage, adjusting for multiple hypotheses with 5% false discovery rate (FDR). We further characterized these associations in exploratory analyses. Results: Among the 55 COSMIC signatures detected in the overall cohort, the presence of three signatures significantly associated with OS after FDR correction. SBS85, a signature associated with indirect effects of activation-induced cytidine deaminase, was present in 18/434 (4.1%) samples, and was significantly associated with improved OS in the overall study population (log-rank p=6.5e-4, FDR-adjusted-p=0.026). SBS93, a signature of unknown etiology previously seen in other gastrointestinal cancers, was present in 4/434 (0.9%) samples, and was significantly associated with worse OS in the overall study population (log-rank, p=7e-6; FDR-adjusted-p=1.1e-3). SBS33, also of unknown etiology and previously seen in other gastrointestinal cancers, was present in 73/434 (16.8%) samples. It was seen more frequently in advanced disease (Fisher’s-exact p=1.9e-4), but was significantly associated with worse OS only in the resected cohort (log-rank, p=2.3e-4, FDR-adjusted-p=0.012). Conclusions: We identified three mutational signatures—SBS85, SBS93, and SBS33—that have not previously been described in PDAC and associate with OS. Further characterization of these novel signatures in PDAC and their underlying biology may uncover new treatment avenues.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».