Unraveling the phylogenomic diversity of Methanomassiliicoccales and implications for mitigating ruminant methane emissions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Methanomassiliicoccales are a recently identified order of methanogens that are diverse across global environments particularly the gastrointestinal tracts of animals; however, their metabolic capacities are defined via a limited number of cultured strains. Results Here, we profile and analyze 243 Methanomassiliicoccales genomes assembled from cultured representatives and uncultured metagenomes recovered from various biomes, including the gastrointestinal tracts of different animal species. Our analyses reveal the presence of numerous undefined genera and genetic variability in metabolic capabilities within Methanomassiliicoccales lineages, which is essential for adaptation to their ecological niches. In particular, gastrointestinal tract Methanomassiliicoccales demonstrate the presence of co-diversified members with their hosts over evolutionary timescales and likely originated in the natural environment. We highlight the presence of diverse clades of vitamin transporter BtuC proteins that distinguish Methanomassiliicoccales from other archaeal orders and likely provide a competitive advantage in efficiently handling B12. Furthermore, genome-centric metatranscriptomic analysis of ruminants with varying methane yields reveal elevated expression of select Methanomassiliicoccales genera in low methane animals and suggest that B12exchanges could enable them to occupy ecological niches that possibly alter the direction of H2utilization. Conclusions We provide a comprehensive and updated account of divergent Methanomassiliicoccales lineages, drawing from numerous uncultured genomes obtained from various habitats. We also highlight their unique metabolic capabilities involving B12, which could serve as promising targets for mitigating ruminant methane emissions by altering H2flow.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».