Echinobase: a resource to support the echinoderm research community
Notice bibliographique
Résumé
Echinobase (www.echinobase.org) is a model organism knowledgebase serving as a resource for the community that studies echinoderms, a phylum of marine invertebrates that includes sea urchins and sea stars. Echinoderms have been important experimental models for over 100 years and continue to make important contributions to environmental, evolutionary, and developmental studies, including research on developmental gene regulatory networks. As a centralized resource, Echinobase hosts genomes and collects functional genomic data, reagents, literature, and other information for the community. This third-generation site is based on the Xenbase knowledgebase design and utilizes gene-centric pages to minimize the time and effort required to access genomic information. Summary gene pages display gene symbols and names, functional data, links to the JBrowse genome browser, and orthology to other organisms and reagents, and tabs from the Summary gene page contain more detailed information concerning mRNAs, proteins, diseases, and protein-protein interactions. The gene pages also display 1:1 orthologs between the fully supported species Strongylocentrotus purpuratus (purple sea urchin), Lytechinus variegatus (green sea urchin), Patiria miniata (bat star), and Acanthaster planci (crown-of-thorns sea star). JBrowse tracks are available for visualization of functional genomic data from both fully supported species and the partially supported species Anneissia japonica (feather star), Asterias rubens (sugar star), and L. pictus (painted sea urchin). Echinobase serves a vital role by providing researchers with annotated genomes including orthology, functional genomic data aligned to the genomes, and curated reagents and data. The Echinoderm Anatomical Ontology provides a framework for standardizing developmental data across the phylum, and knowledgebase content is formatted to be findable, accessible, interoperable, and reusable by the research community.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,005 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,066 | 0,114 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».