DOP35 Spatial transcriptomics reveals cellular niches associated with histological inflammation in postoperative Crohn’s Disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Postoperative Crohn’s disease (CD) recurs in ~70% of patients ≤1 year following ileocolonic resection (ICR), as observed endoscopically. Current understanding of molecular determinants underlying histological intestinal inflammation in patients with postoperative CD recurrence is minimal. To address this issue, we used advanced spatial transcriptomic analyses on intestinal biopsy samples with matched histological and endoscopic assessments from neoterminal ileum, anastomosis, and colon of patients with CD who had undergone colonoscopy following ICR. Methods Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue biopsies from neoterminal ileum, anastomosis, and colon were prospectively collected from a 15-patient cross-sectional cohort with CD who underwent routine endoscopic assessment following ICR. Spatial transcriptomics was performed on samples using 10X Genomics Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE V2.0. Annotation of tissue regions of histologically active inflammation and classification of histologically inactive (Robarts Histopathology Index ≤3 with subscores of 0 for neutrophils in the lamina propria and epithelium) or active disease were performed by an expert gastrointestinal pathologist. R programming language was used for data analysis (Figure). Results Fourteen of the 43 (32.6%) FFPE biopsies had histological evidence of inflammation. Spatial transcriptomics clustering revealed a distinct transcriptional signature by the segregation of 4 clusters ("inflamed clusters") composed mostly (≥69%) of cells from samples defined by histologically active disease. Tissue regions identified as inflamed by expert pathologist annotation contributed to >46% of inflamed clusters’ composition and <15% of remaining clusters. Cell type decomposition and cellular niche analysis revealed immune (e.g., myeloid, T cells, and B cells) and epithelial cells in close proximity sharing a similar microenvironment in 3 inflamed clusters while the 4th cluster was composed of >90% epithelial cells. Differentially expressed genes from the inflamed clusters were similarly expressed across intestinal segments including inflamed anastomotic biopsies and were enriched for signalling pathways involving immune cells recruitment/activation, inflammatory signalling, extracellular matrix organisation, and oxidative stress response. Conclusion This is the first study to explore spatial transcriptomic signatures associated with histological inflammation in patients with postoperative CD recurrence. Our analysis revealed a spatial signature of cellular niches and signalling pathways arising upon histological inflammation, providing insight into therapeutic targets and biomarkers across anatomic locations and the anastomosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».