P321 Development and validation of an Integrated Risk Score for future risk of Crohn’s disease in healthy first-degree relatives: The CCC-GEM Project, a multicentre prospective cohort study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Although the cause of Crohn’s disease (CD) is unknown, recent studies have identified a number of biomarkers associated with the risk of developing CD in healthy at-risk individuals. Establishing a combined prediction model that stratifies the future risk of CD in healthy at-risk individuals is the first step towards disease prevention and a better understanding of the preclinical phase of CD. Methods We recruited healthy first-degree relatives (FDRs) of persons with CD from 2008-2017 as part of the global multicenter prospective Crohn’s and Colitis Canada Genetic Environmental Microbial (CCC-GEM) Project. After collecting demographic information, blood, urine, and stool samples at recruitment, participants were followed for the development of CD. A GEM-integrative risk score (GEM-IRS), using random survival forest modeling that combined the baseline variables (demographics, measures of gut inflammation – fecal calprotectin, intestinal barrier function – urinary fractional excretion ratio of lactulose to mannitol, and fecal microbiome composition and predicted functional capacities – based upon 16S rDNA sequencing and PICRUSt2) to estimate time-to-CD onset, was derived and subsequently validated in two independent testing cohorts. Results Among 2,619 FDRs followed for a median of 6.8 years, 61 (2.3%) developed CD. The GEM-IRS, developed on the training cohort (n= 1,170), upon validation, showed a c-statistic of 0.789 in the pooled-testing cohorts (0.786 in the North American Testing cohort (n=1,141) and 0.804 in the Israeli Cohort (n=308)). The 4th quartile group compared to the rest had significantly increased risk of CD (hazard ratio [HR] 6.42, 95% confidence interval [CI], 3.10-13.30) in the pooled-testing cohorts (HR 5.89, 95% CI, 2.70-12.85 in North American Testing cohort; HR 10.7, 95% CI 1.24-92.65 in Israeli cohort). Furthermore, the GEM-IRS predicted CD in pre-specified subgroups of FDRs with minimal subclinical inflammation (fecal calprotectin<50 ug/g) or normal barrier function measures (lactulose/mannitol ratio<0.025), and up to 7 years before diagnosis in the pooled-testing cohort. Conclusion The GEM-IRS, which includes biomarkers of gut inflammation, intestinal barrier function, and the gut microbiome, is a valid risk stratification tool for predicting future development of CD in healthy first-degree relatives of persons with CD. The score may be used to guide preventative care for healthy first-degree relatives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».