Metagenomic analyses of 7000 to 5500 years old coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago
Notice bibliographique
Résumé
Coprolites contain various kinds of ancient DNAs derived from gut micro-organisms, viruses, and foods, which can help to determine the gut environment of ancient peoples. Their genomic information should be helpful in elucidating the interaction between hosts and microbes for thousands of years, as well as characterizing the dietary behaviors of ancient people. We performed shotgun metagenomic sequencing on four coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago. The coprolites were found in the layers of the Early Jomon period, corresponding stratigraphically to 7000 to 5500 years ago. After shotgun sequencing, we found that a significant number of reads showed homology with known gut microbe, viruses, and food genomes typically found in the feces of modern humans. We detected reads derived from several types of phages and their host bacteria simultaneously, suggesting the coexistence of viruses and their hosts. The food genomes provide biological evidence for the dietary behavior of the Jomon people, consistent with previous archaeological findings. These results indicate that ancient genomic analysis of coprolites is useful for understanding the gut environment and lifestyle of ancient peoples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».