Endosymbiotic bacteria within the nematode-trapping fungus Arthrobotrys musiformis and their potential roles in nitrogen cycling
Notice bibliographique
Résumé
Endosymbiotic bacteria (ESB) have important effects on their hosts, contributing to its growth, reproduction and biological functions. Although the effects of exogenous bacteria on the trap formation of nematode-trapping fungi (NTF) have been revealed, the effects of ESB on NTF remain unknown. In this study, we investigated the species diversity of ESB in the NTFArthrobotrys musiformisusing high-throughput sequencing and culture-dependent approaches, and compared bacterial profiles to assess the effects of strain source and culture media onA. musiformis. PICRUSt2 and FAPROTAX were used to predict bacterial function. Our study revealed that bacterial communities inA. musiformisdisplayed high diversity and heterogeneity, with Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes and Actinobacteria as the dominant phyla. The ESB betweenA. musiformisgroups isolated from different habitats and cultured in the same medium were more similar to each other than the other groups isolated from the same habitat but cultured in different media. Function analysis predicted a broad and diverse functional repertoire of ESB inA. musiformis, and unveiled that ESB have the potential to function in five modules of the nitrogen metabolism. We isolated nitrogen-fixing and denitrifying bacteria from the ESB and demonstrated their effects on trap formation ofA. musiformis. Among seven bacteria that we tested, three bacterial speciesBacillus licheniformis,Achromobacter xylosoxidansandStenotrophomonas maltophiliawere found to be efficient in inducing trap formation. In conclusion, this study revealed extensive ESB diversity within NTF and demonstrated that these bacteria likely play important roles in nitrogen cycling, including nematode trap formation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».