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Enregistrement W4391328137 · doi:10.20944/preprints202401.1947.v1

Gene Editing, Indiscriminate Degradation And Recyclic Catalytic Events In Crispr Cas Technology

2024· preprint· en· W4391328137 sur OpenAlexaff
Taha Nazir, Hameed A. Mirza, Sahar Radwan, Nida Taha

Notice bibliographique

RevuePreprints.org · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensYork University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCRISPRGenome editingDegradation (telecommunications)GeneComputational biologyGeneticsComputer scienceBiologyTelecommunications

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In "genome editing," a type of genetic engineering, DNA is added, taken away, or changed in an organism's genome. Biomedicine, biotechnology, and synthetic biology, just to name a few, have all gained a lot from how often this method is used. Before the editing process can start, a Double-Strand Breaks (DSB) must be made in the DNA at a specific gene. Researchers have made nucleases, which are sometimes called "molecular scissors," to fix this DSB. Transcription activator-like effector nucleases (TALENs), Zinc-finger nucleases (ZFNs), and homing endonucleases are all examples of protein targets that have been studied and changed. The last part gave an overview of these study projects and explained how to make Cas12a for specific uses. The applications of Cas12a have been extensively studied in recent years, but the protein still holds a lot of promise as a treatment and screening tool. In order to give a quick review of CRISPR-Cas12a and its uses, we will briefly talk about the structure and function of the different parts of the reaction pathway that lead up to the catalysis of the target DNA. Cas12a uses a multistep process to make sure that it is selecting the right DNA. This is a good trait for a device that changes the DNA because it makes it less likely that something bad will happen. Even though data shows that a new CRISPR RNAs (crRNA) molecule can stop Cas12a from randomly destroying ssDNA, it may still hurt the host cell while trying to change the genome. The action of Cas12a catalysis, which is a powerful tool for changing the genome, needs to be changed so that it can be more easily controlled and managed. Using what we know about how Cas12a works, we have made mutants that are less active on ssDNA and more active on dsDNA. So far, only Cas9 and Cas12a, which are both part of the CRISPR family, have been used to change the genome. Because of how similar and different these two endonucleases are, CRISPR can now be used for multiple scientific purposes. Cas12a is better than Cas9 because it makes double-strand breaks (DSBs) that favor Homology-Directed Repair (HDR) over Non-homologous end joining (NHEJ) and can change more than one copy of the genome at the same time. Both Cas9 and Cas12a are being changed to make them better at detecting Protospacer Adjacent Motif (PAM) than they are in their natural state. This will make it possible to start focusing on more genes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0020,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,038
Tête enseignante GPT0,356
Écart entre enseignants0,319 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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