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Enregistrement W4391329331 · doi:10.1101/2024.01.26.577166

MEDIATOR SUBUNIT 25 modulates ERFVII-controlled hypoxia responses in Arabidopsis

2024· preprint· en· W4391329331 sur OpenAlexfundno aff
Jos H. M. Schippers, Kira von Bongartz, Lisa Laritzki, Stephanie Frohn, Stephanie Frings, Tilo Renziehausen, Frauke Augstein, Katharina Winkels, Katrien Sprangers, Rashmi Sasidharan, Didier Vertommen, Frank Van Breusegem, Sjon Hartman, Gerrit T.S. Beemster, Amna Mhamdi, Joost T. van Dongen, Romy Schmidt

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant responses to water stress
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesGenome Center, University of California, DavisUniversity of California, DavisVlaamse regeringPeking UniversityUniversità di PisaSchool of Biosciences, University of NottinghamFonds Wetenschappelijk OnderzoekDeutsche ForschungsgemeinschaftInstitute of GeneticsUniversity of Oxford
Mots-clésMediatorCell biologyBiologyArabidopsisHypoxia (environmental)Transcription factorRNA polymerase IIProtein subunitGene expressionChemistryGeneBiochemistryMutantOxygenPromoter

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Flooding impairs plant growth through oxygen deprivation, which activates plant survival and acclimation responses. Low-oxygen responses are generally associated with activation of group VII ETHYLENE-RESPONSE FACTOR (ERFVII) transcription factors. However, mechanism and molecular components by which ERFVII factors initiate gene expression are not fully elucidated. Here, we show that the Mediator complex subunit At MED25 is recruited by RELATED TO APETALA 2.2 (RAP2.2) and RAP2.12 to coordinate gene expression during hypoxia in Arabidopsis thaliana .. The med25 mutants display reduced low-oxygen stress tolerance. At MED25 associates with several ERFVII-controlled hypoxia core genes and its loss impairs transcription under hypoxia due to decreasing RNA polymerase II recruitment. Protein complex pulldown assays demonstrate that the Mediator complex built around At MED25 is adjusted under low-oxygen conditions. Moreover, during hypoxia, no functional cooperation between At MED25 and the two subunits At MED8 and At MED16 occurs, contrasting previous observations made for other conditions. In addition, At MED25 function under hypoxia is independent from ethylene signalling. Finally, a functional conservation at the molecular level was found for the MED25-ERFVII module between Arabidopsis thaliana and the monocot Oryza sativa , pointing to a potentially universal role of MED25 in enabling ERFVII-dependent transcript responses to hypoxia in plants.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,207
Écart entre enseignants0,191 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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