MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4391343466 · doi:10.1101/gr.278326.123

Oxidative stress accelerates intestinal tumorigenesis by enhancing 8-oxoguanine-mediated mutagenesis in MUTYH-deficient mice

2024· article· en· W4391343466 sur OpenAlexfundno aff
Mizuki Ohno, Noriko Takano, Kyoko Hidaka, Fumiko Sasaki, K. Yamauchi, Yasunobu Aoki, Takehiko Nohmi, Yusaku Nakabeppu, Yoshimichi Nakatsu, Teruhisa Tsuzuki

Notice bibliographique

RevueGenome Research · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueGenetic factors in colorectal cancer
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsJapan Society for the Promotion of ScienceResearch Organization of Information and Systems
Mots-clésBiologyMUTYHOxidative stressMutagenesisCarcinogenesisGeneticsOxidative phosphorylationCancer researchMutationDNA glycosylaseCell biologyMolecular biologyDNA damageBiochemistryDNAGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Oxidative stress–induced DNA damage and its repair systems are related to cancer etiology; however, the molecular basis triggering tumorigenesis is not well understood. Here, we aimed to explore the causal relationship between oxidative stress, somatic mutations in pre-tumor-initiated normal tissues, and tumor incidence in the small intestines of MUTYH-proficient and MUTYH-deficient mice. MUTYH is a base excision repair enzyme associated with human colorectal cancer. Mice were administered different concentrations of potassium bromate (KBrO3; an oxidizing agent)–containing water for 4 wk for mutagenesis studies or 16 wk for tumorigenesis studies. AllMutyh−/−mice treated with >0.1% KBrO3developed multiple tumors, and the average tumor number increased dose dependently. Somatic mutation analysis ofMutyh−/−/rpsLtransgenic mice revealed that G:C > T:A transversion was the only mutation type correlated positively with KBrO3dose and tumor incidence. These mutations preferentially occurred at 5′G in GG and GAA sequences inrpsL. This characteristic mutation pattern was also observed in the genomic region ofMutyh−/−tumors using whole-exome sequencing. It closely corresponded to signature 18 and SBS36, typically caused by 8-oxo-guanine (8-oxoG). 8-oxoG-induced mutations were sequence context dependent, yielding a biased amino acid change leading to missense and stop-gain mutations. These mutations frequently occurred in critical amino acid codons of known cancer drivers,ApcorCtnnb1, known for activating Wnt signal pathway. Our results indicate that oxidative stress contributes to increased tumor incidence by elevating the likelihood of gaining driver mutations by increasing 8-oxoG-mediated mutagenesis, particularly under MUTYH-deficient conditions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,060
Tête enseignante GPT0,375
Écart entre enseignants0,314 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueGenome ResearchMême sujetGenetic factors in colorectal cancerTravaux en français237 207