Decoding the Microbiome-Metabolome Nexus: A Systematic Benchmark of Integrative Strategies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The exponential growth of high-throughput sequencing technologies was an incredible opportunity for researchers to combine various -omics within computational frameworks. Among these, metagenomics and metabolomics data have gained an increasing interest due to their involvement in many complex diseases. However, currently, no standard seems to emerge for jointly integrating both microbiome and metabolome datasets within statistical models. Results Thus, in this paper we comprehensively benchmarked nineteen different integrative methods to untangle the complex relationships between microorganisms and metabolites. Methods evaluated in this paper cover most of the researcher’s goals such as global associations, data summarization, individual associations, and feature selection. Through an extensive and realistic simulation we identified best methods across questions commonly encountered by researchers. We applied the most promising methods in an application to real gut microbial datasets, unraveling complementary biological processes involved between the two omics. We also provided practical guidelines for practitioners tailored to specific scientific questions and data types. Conclusion In summary, our work paves the way toward establishing research standards when mutually analyzing metagenomics and metabolomics data, building foundations for future methodological developments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,035 | 0,093 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».