Learning self-supervised molecular representations for drug–drug interaction prediction
Notice bibliographique
Résumé
Drug-drug interactions (DDI) are a critical concern in healthcare due to their potential to cause adverse effects and compromise patient safety. Supervised machine learning models for DDI prediction need to be optimized to learn abstract, transferable features, and generalize to larger chemical spaces, primarily due to the scarcity of high-quality labeled DDI data. Inspired by recent advances in computer vision, we present SMR-DDI, a self-supervised framework that leverages contrastive learning to embed drugs into a scaffold-based feature space. Molecular scaffolds represent the core structural motifs that drive pharmacological activities, making them valuable for learning informative representations. Specifically, we pre-trained SMR-DDI on a large-scale unlabeled molecular dataset. We generated augmented views for each molecule via SMILES enumeration and optimized the embedding process through contrastive loss minimization between views. This enables the model to capture relevant and robust molecular features while reducing noise. We then transfer the learned representations for the downstream prediction of DDI. Experiments show that the new feature space has comparable expressivity to state-of-the-art molecular representations and achieved competitive DDI prediction results while training on less data. Additional investigations also revealed that pre-training on more extensive and diverse unlabeled molecular datasets improved the model's capability to embed molecules more effectively. Our results highlight contrastive learning as a promising approach for DDI prediction that can identify potentially hazardous drug combinations using only structural information.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».