Development of a Multiplex PCR for the Specific Detection of Phytoplasma Subgroups 16SrIX-B and 16SrIX-C
Notice bibliographique
Résumé
During the early 1990s, almond witches’ broom (AlmWB), a disease affecting stone fruits, was reported in Lebanon and Iran. The disease quickly escalated into an epidemic that destroyed hundreds of thousands of almonds, peaches, and nectarine trees due to its invasive and destructive nature. The causal agent was eventually identified to be ‘ Candidatus Phytoplasma phoenicium’, a phytoplasma belonging to subgroup 16SrIX-B. There are currently no effective curative treatments, making the eradication of infected trees the only remaining option. Therefore, stringent quarantine measures and potent detection tools are imperative for early detection and effective prevention of AlmWB phytoplasma. Although there are currently no commercially available phytoplasma detection serological tests, there are several PCR-based assays for the detection of ‘ Ca. P. phoenicium’ and other phytoplasmas. Consequently, the development of accurate and sensitive assays is needed. In this study, we designed primers for specific, sensitive, and simultaneous detection of 16SrIX-B (AlmWB) and 16SrIX-C (Picris echioides yellows) phytoplasmas without the need for restriction fragment length polymorphism. The PCR assays were highly efficient, specific, and reproducible for the detection of the two phytoplasmas in multiplex PCR. The multiplex assay detected AlmWB and Picris echioides yellows targets in mixed infections up to a sensitivity of 100 pg/µl of total plant DNA. Our developed multiplex PCR assay is suitable for quarantine screening of woody tree germplasm and for surveying aimed at discriminating 16SrIX-B, a quarantine pest, from the closely related 16SrIX-C, a non-quarantine phytoplasma, with the aim of preventing or mitigating AlmWB.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».