Developing an integrated approach to assess the emergence threat associated with influenza D viruses’ circulating in Europe
Notice bibliographique
Résumé
Recent studies have identified a new genus of the Orthomyxoviridae family, Influenza D virus (IDV). This virus was shown to infect farm animals including swine and cattle, and to efficiently replicate and transmit in ferrets (Hause et al., 2013; Liu et al., 2020), the animal model of choice for transmission of influenza A virus to humans. This partnering grant (Flu-D project) on IDV addressed the need for capacity building at EU level to improve the EU's scientific assessment capacity and international competitiveness. We have promoted cross-disciplinary cooperation between the partner institutes representing six Member States (BE, FR, IE, IT, LU, and SE). We have shown that the available antibody testing methods allow reliable influenza D diagnostics in partners’ laboratories but that molecular diagnostic systems required some primers/protocols adjustments. Serological results in European cattle suggest that influenza D virus is enzootic and antigenic maps generated with reference antisera showed 2 main antigenic clusters, matching the genetic clustering. Virus diversity is still unfolding with new virus introductions identified, as well as the discovery of new reassortants whose differential clinical impact or cross-protection levels are still poorly understood. A quantitative risk assessment model (QRAM) of IDV through introduction of cattle in a country or a herd was developed and refined including several mitigation measures (e.g. testing strategy, vaccination/biosecurity). Complementary, an innovative tool that estimated the biosecurity level of protection of a farm was developed and pre-tested. The present project led to ideas and data sharing, cross-consortium training, and to the sustainability of our influenza D network in Europe with perspectives on future collaborative projects.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».