Positive selection in gamete interaction proteins in <i>Carnivora</i>
Notice bibliographique
Résumé
The absence of robust interspecific isolation barriers among pantherines, including the iconic South American jaguar (Panthera onca), led us to study molecular evolution of typically rapidly evolving reproductive proteins within this subfamily and related groups. In this study, we delved into the evolutionary forces acting on the zona pellucida (ZP) gamete interaction protein family and the sperm-oocyte fusion protein pair IZUMO1-JUNO across the Carnivora order, distinguishing between Caniformia and Feliformia suborders and anticipating few significant diversifying changes in the Pantherinae subfamily. A chromosome-resolved jaguar genome assembly facilitated coding sequences, enabling the reconstruction of protein evolutionary histories. Examining sequence variability across more than 30 Carnivora species revealed that Feliformia exhibited significantly lower diversity compared to its sister taxa, Caniformia. Molecular evolution analyses of ZP2 and ZP3, subunits directly involved in sperm-recognition, unveiled diversifying positive selection in Feliformia, Caniformia and Pantherinae, although no significant changes were linked to sperm binding. Structural cross-linking ZP subunits, ZP4 and ZP1 exhibited lower levels or complete absence of positive selection. Notably, the fusion protein IZUMO1 displayed prominent positive selection signatures and sites in basal lineages of both Caniformia and Feliformia, extending along the Caniformia subtree but absent in Pantherinae. Conversely, JUNO did not exhibit any positive selection signatures across tested lineages and clades. Eight Caniformia-specific positive selected sites in IZUMO1 were detected within two JUNO-interaction clusters. Our findings provide for the first time insights into the evolutionary trajectories of ZP proteins and the IZUMO1-JUNO gamete interaction pair within the Carnivora order.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».