CONTRIBUTION OF DLG5, MDR1, NOD1/CARD4 AND TLR4 TO PEDIATRIC ONSET INFLAMMATORY BOWEL DISEASE
Notice bibliographique
Résumé
Host-bacteria interaction and mucosal barrier function are important in the pathogenesis of inflammatory bowel disease (IBD). Variations in genes that might affect either (MDR1, NOD1/CARD4, TLR4 and DLG5) are suggested to confer susceptibility. We evaluated the contribution of these genes in a single center population of IBD patients diagnosed at age <17 yrs. 358 probands (60% Male) with IBD (251 CD, 107 UC), their parents, and 42 affected siblings were genotyped for MDR1 (rs1045642), NOD1/CARD4 (rs2075820), TLR4 (rs4986790) and DLG5 (1248696, 2289310) polymorphisms. Data were analyzed by transmission disequilibrium testing (TDT) utilizing the family based association test (FBAT). North American IBD Genetics Consortium phenotyping definitions were used. 66% patients were non-Jewish Caucasian and 23% Jewish Caucasian. 24% of CD and 14% of UC probands had affected first degree relative(s). UC was extensive in 77% and 21% had undergone colectomy. CD macroscopically involved small bowel (sb) only (54%); sb and colon (34%); colon only (14%). At most recent follow-up CD was inflammatory (74%) stricturing (9%) and internal penetrating (17%). 30% had undergone intestinal resection. A significant association between MDR1 and CD (P = 0.03) primarily in Jewish patients (P = 0.02) and in sb+colon disease (P = 0.04) was demonstrated. A similar association was seen for TLR4 (CD: P = 0.06; Jewish: P = 0.04; sb+colon: P = 0.02). No association was found between CD and the NOD1/CARD4 or DLG5 polymorphisms, nor between IBD or UC and any of the polymorphisms examined. In this cohort with exclusively early onset IBD, previously described associations between DLG5 and IBD are not replicated. We confirm the association of TLR4 with CD susceptibility. We document a novel association with MDR1. Our findings reinforce the importance of ethnic stratification in genetic studies, and support the role of barrier function and innate immunity in CD pathogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».