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Enregistrement W4391636465 · doi:10.1101/2024.02.05.578972

A comparative study of circulating tumor cell isolation and enumeration technologies in lung cancer

2024· preprint· en· W4391636465 sur OpenAlexaff
Volga M Saini, Ezgi Öner, Mark P. Ward, Sinéad Hurley, Brian David Henderson, Faye Lewis, Stephen P. Finn, John O’Leary, Sharon O’Toole, Lorraine O’Driscoll, Kathy Gately

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Cells and Metastasis
Établissements canadiensTrinity College
Organismes subventionnairesHigher Education AuthorityANGLE
Mots-clésCirculating tumor cellLung cancerEnumerationIsolation (microbiology)AdenocarcinomaCancerStainingLungMedicineOncologyPathologyCancer researchBiologyInternal medicineBioinformaticsMetastasis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Circulating tumor cells (CTCs) have potential as diagnostic, prognostic and predictive biomarkers in solid tumors. Despite FDA approval of CTC devices in various cancers, their rarity and limited comparison between analysis methods hinder their clinical integration for lung cancer. This study aimed to evaluate five CTC isolation technologies using a standardized spike-in protocol: the CellMag™ (EpCAM-based enrichment), EasySep™ and RosetteSep™ (blood cell depletion), and the Parsortix® PR1 and next generation Parsortix® Plus (PX+) (size-based enrichment). The Parsortix® systems were also evaluated for any difference in recovery rates between cell harvest versus in- cassette staining. Healthy donor blood (5 mL) was spiked with 100 fluorescently labeled H1975 lung adenocarcinoma cell line, processed through each system and the isolation efficiency was calculated. All tested systems yielded discordant recovery rates with the CellMag™ having the highest mean recovery (70 ± 14%) followed by the PR1 (in-cassette staining) with a recovery of 49 ± 2% while the EasySep™ had the lowest recovery (18 ± 8%). The CellMag™ and Parsortix® PR1 may have potential clinical applications for lung cancer patients, albeit needing further optimization and validation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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