Spatial transcriptomic profiling of human retinoblastoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Retinoblastoma (RB) represents one of the most prevalent intraocular cancers in children. Understanding the tumor heterogeneity in RB is important to design better targeted therapies. Here we used spatial transcriptomic to profile human retina and RB tumor to comprehensively dissect the spatial cell-cell communication networks. We found high intratumoral heterogeneity in RB, consisting of 10 transcriptionally distinct subpopulations with varying levels of proliferation capacity. Our results uncovered a complex architecture of the tumor microenvironment that predominantly consisted of cone precursors, as well as glial cells and cancer-associated fibroblasts. We delineated the cell trajectory underlying malignant progression of RB, and identified key signaling pathways driving genetic regulation across RB progression. We also explored the signaling pathways mediating cell-cell communications in RB subpopulations, and mapped the spatial networks of RB subpopulations and region neighbors. Altogether, we constructed the first spatial gene atlas for RB, which allowed us to characterize the transcriptomic landscape in spatially-resolved RB subpopulations, providing novel insights into the complex spatial communications involved in RB progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».