Identification and genetic correlation of avian reoviruses to the currently used vaccines in Egypt
Notice bibliographique
Résumé
A variety of illnesses, including arthritis, tenosynovitis, stunted growth, and malabsorption syndrome, are caused by Avian Reoviruses (ARVs), which have become more prevalent in Egypt during recent years and resulted in significant economic losses. This study investigated 27 suspected samples collected from 14 broiler breeders and 13 broilers suffering from immunosuppression, decreased body weight, and diarrhea. Fourteen samples tested positive based on RT-PCR, and the virus could be isolated from ten samples in Specific Pathogen Free (SPF) embryonated chicken eggs. Ten isolates were subjected to molecular and genetic analysis of the S1 gene (sigma C) and S2 gene (sigma A). The amino acid identity of the S1 gene revealed that these viruses are closely related to the viruses that were identified in Israel during 2020 (91.8%-97.2% identity) and belonged to the genetic cluster 5 (genotype 5), which also includes some viruses that are circulating in the United States and Canada. They also showed weak similarity (48.9%-50.2%) with the available vaccine strains in the Egyptian field that belong to cluster 1, genotype 1. The S2 gene showed amino acid homology of 91.7%-98.2% with the current vaccine used in Egypt. However, the Egy-Reo-7-2021 virus had the lowest similarity (84.2%-87.6%) to the available vaccine. It is hypothesized that the difference between field and vaccine strains may have contributed to the failure of current vaccinations to produce protective immunity against current ARV strains circulated in Egypt, which made the disease a problem to the poultry industry. Developing homologous vaccines and evaluating their potency and efficacy are required in Egypt.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».