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Enregistrement W4391650116 · doi:10.3389/fddsv.2024.1336025

Machine learning in toxicological sciences: opportunities for assessing drug toxicity

2024· article· en· W4391650116 sur OpenAlexaff
Lusine Tonoyan, Arno G. Siraki

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Drug Discovery · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésDrugToxicityEngineering ethicsPharmacologyMedicineEngineeringInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Machine learning (ML) in toxicological sciences is growing exponentially, which presents unprecedented opportunities and brings up important considerations for using ML in this field. This review discusses supervised, unsupervised, and reinforcement learning and their applications to toxicology. The application of the scientific method is central to the development of a ML model. These steps involve defining the ML problem, constructing the dataset, transforming the data and feature selection, choosing and training a ML model, validation, and prediction. The need for rigorous models is becoming more of a requirement due to the vast number of chemicals and their interaction with biota. Large datasets make this task possible, though selecting databases with overlapping chemical spaces, amongst other things, is an important consideration. Predicting toxicity through machine learning can have significant societal impacts, including enhancements in assessing risks, determining clinical toxicities, evaluating carcinogenic properties, and detecting harmful side effects of medications. We provide a concise overview of the current state of this topic, focusing on the potential benefits and challenges related to the availability of extensive datasets, the methodologies for analyzing these datasets, and the ethical implications involved in applying such models.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Communication savante
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,591
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0020,004
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,067
Tête enseignante GPT0,332
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations33
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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