Multiplex Proteomics in the Identification of Potential Biomarkers of Very Severe Sinusoidal Obstruction Syndrome/Veno-Occlusive Disease in Allogeneic Hematopoietic Cell Transplant Patients Treated with Defibrotide
Notice bibliographique
Résumé
INTRODUCTION: Despite well-established clinical criteria for diagnosis of sinusoidal obstruction syndrome/veno-occlusive disease (SOS/VOD) following allogeneic hematopoietic cell transplantation (HCT), there is a lack of established diagnostic protein biomarkers. METHODS: Prospective samples were collected from patients with very severe SOS/VOD at diagnosis and days +3, +7, +14, and +30 post-initiation of defibrotide. Samples from age-matched controls with no VOD were collected at days +14, +30, +60, +90, and +180 following allogeneic HCT. Serum samples were analyzed for 2,925 protein levels by antibody-based proximity extension assay (PEA). Mean differences in the log-transformed abundance values were compared using t tests in a volcano plot. RESULTS: Five patients with very severe SOS/VOD and 5 control patients were compared. Ten proteins were identified that showed a statistically significant and log-transformed 3-fold increase in concentration. They were CALCA, CCL20, GPR37, IGFBP4, IL1RL1, SLC39A14, SPINK4, FABP3, MYL3, and CHCHD10. Four different proteins, namely, CD83, leukocyte associated immunoglobulin-like receptor 2 (LAIR2), CD7, and HEM6 showed a significant decrease with defibrotide treatment. SOS/VOD resolved in 80% (n = 4) of patients, while 1 patient deceased due to SOS/VOD. CONCLUSION: PEA technology identified 10 proteins that were significantly elevated in patients with very severe SOS/VOD. Prospective studies in a larger cohort using this technology may be able to conclusively identify diagnostic protein biomarkers for SOS/VOD.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».