The highly repetitive genome of Myxobolus sp., a myxozoan parasite of fathead minnows
Notice bibliographique
Résumé
Background: The Myxozoa is a group of at least 2,400 endoparasites within the phylum Cnidaria. All myxozoans have greatly reduced in size and morphology compared to free-living members of the phylum. They are best known for causing disease in economically important fish across the world; for example, Myxobolus cerebralis causes Whirling Disease, which can kill 90% of infected juvenile salmonid fish. In 2017, a potentially new myxozoan species was identified in Alberta. Myxobolus sp. causes distinct lesions in fathead minnows, which are ultimately fatal. Here, we sequenced, assembled and analyzed the genome of Myxobolus sp. to understand how the parasite interacts with its fish host and identify potential strategies to counter this emerging threat. Results: At 185 Mb, the Myxobolus sp. genome is the largest myxozoan genome sequenced so far. This large genome size is, in part, due to the high repetitive content; 68% of the genome was interspersed repeats, with the MULE-MuDR transposon covering 18% of the Myxobolus sp. genome. Similar to myxozoan genomes, the Myxobolus sp. genome has lost many genes well conserved in other eukaryotes. However, we also identified multiple expansions in gene families (serine proteases, hexokinases, and FLYWCH-domain containing proteins) which suggests their functional importance in the parasite. The mitochondrial genome of Myxobolus sp. encodes only five of the thirteen protein-coding genes typically found in animals. We found that the mitochondrial gene atp6 was transferred to the nucleus and acquired a mitochondria-targeting signal in Myxobolus sp. Conclusions: Our study provides valuable insights into myxozoan biology and identify promising avenues for future research. We also propose that M. rasmusseni is promising myxozoan model to explore host-parasite interactions in these parasites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».