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Enregistrement W4391772583 · doi:10.1101/2024.02.11.24302636

Restrained memory CD8 <sup>+</sup> T cell responses favors viral persistence and elevated IgG responses in patients with severe Long COVID

2024· preprint· en· W4391772583 sur OpenAlexaff
Lucie Rodriguez, Ziyang Tan, Tadepally Lakshmikanth, Jun Wang, Hugo Barcenilla, Zoe Swank, Fanglei Zuo, Hassan Abolhassani, Ana Jimena Pavlovitch-Bedzyk, Chunlin Wang, Laura González, Constantin Habimana Mugabo, Anette Johnsson, Yang Chen, Anna James, Jaromír Mikeš, Linn Kleberg, Christopher Sundling, Mikael Björnson, Malin Nygren‐Bonnier, Marcus Ståhlberg, Michael Runold, Sophia Björkander, Erik Melén, Isabelle Meyts, Johan Van Weyenbergh, Qian-Pan Hammarström, Mark M. Davis, David R. Walt, Nils Landegren, Alessandro Aiuti, Giorgio Casari, Jean‐Laurent Casanova, Marc Jamoulle, Judith Bruchfeld, Petter Brodin

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLong-Term Effects of COVID-19
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesFondation pour la Recherche MédicaleInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleAgence Nationale de la RechercheEuropean CommissionVetenskapsrådetMinistère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'InnovationSt. Giles FoundationFondation du SouffleFisher Center for Alzheimer's Research Foundation
Mots-clésSerologyImmunologyPersistence (discontinuity)AntigenImmune systemCoronavirus disease 2019 (COVID-19)CD8Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)MedicineViral loadVirologyDiseaseVirusAntibodyBiologyInternal medicineInfectious disease (medical specialty)

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract During the COVID-19 pandemic it was widely described that certain individuals infected by SARS-CoV-2 experience persistent disease signs and symptoms, Long COVID, which in some cases is very severe with life changing consequences. To maximize our chances of identifying the underpinnings of this illness, we have focused on 121 of the most severe cases from >1000 patients screened in specialized clinics in Sweden and Belgium. We restricted this study to subjects with objective measures of organ damage or dysfunction, >3 months following a verified, but mild-to-moderate SARS-CoV-2 infection. By performing systems-level immunological testing and comparisons to controls fully convalescent following a similar mild/moderate COVID-19 episode, we identify elevated serological responses to SARS-CoV-2 in severe Long COVID suggestive of chronic antigen stimulation. Persistent viral reservoirs have been proposed in Long COVID and using multiple orthogonal methods for detection of SARS-CoV-2 RNA and protein in plasma we identify a subset of patients with detectable antigens, but with minimal overlap across assays, and no correlation to symptoms or immune measurements. Elevated serologic responses to SARS-CoV-2 on the other hand were inversely correlated with clonally expanded memory CD8 + T cells, indicating that restrained clonal expansion enables viral persistence, chronic antigen exposure and elevated IgG responses, even if antigen-detection in blood is not universally possible.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,250 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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