A selection of Golden Gate vectors to simplify recombinant protein production in <i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Summary In this work multiple plasmids have been created to allow the simple Golden Gate cloning of a target gene for recombinant protein production in Escherichia coli . To simplify as much as possible the generation of different target gene vector combinations, the 22 plasmids contain the same Golden Gate cloning sites ( Bsa I), antibiotic resistance (kanamycin) and promoter (T7) for expression in the standard protein production strain of E. coli BL21[DE3]. The plasmid set includes commonly used tags for purification and assays (his, twin-strep and avi tag) as well as fusion protein partners that may aid target protein solubility and yield, SUMO, MBP, GST and sfGFP. Also included are plasmids with secretion peptide signals for transport of the target protein to the E. coli periplasm via various pathways (SEC, SRP, TatA). We have evaluated the 4 of the vectors using a test super folder GFP insert and found that using the Golden Gate process allows cloning efficiencies of greater than 90% to be routinely obtained. Vectors were further evaluated by expressing and purifying the target insert. The plasmid vector set described herein should prove useful to any investigator who has to routinely evaluate numerous protein expression constructs and are freely available through Addgene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».