ScRNA-seq of Diverse Pheochromocytoma Patients Reveals Distinct Microenvironment Characteristics and Supports an Informative Molecular Classification System
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pheochromocytomas (PCCs) are rare neuroendocrine tumors that originate from chromaffin cells in the adrenal gland. However, the cellular molecular characteristics and immune microenvironment of PCCs are incompletely understood. Here, we performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on 16 tissues from 4 sporadic unclassified PCC patients and 1 hereditary PCC patient with Von Hippel-Lindau (VHL) syndrome. We found that intra-tumoral heterogeneity was less extensive than the inter-individual heterogeneity of PCCs. Further, the unclassified PCC patients were divided into two types, metabolism-type (marked by NDUFA4L2 and COX4I2) and kinase-type (marked by RET and PNMT), validated by immunohistochemical staining. Trajectory analysis of tumor evolution revealed that metabolism-type PCC cells display phenotype of consistently active metabolism and increased metastasis potential, while kinase-type PCC cells showed decreased epinephrine synthesis and neuron-like phenotypes. Cell-cell communication analysis showed activation of the annexin pathway and a strong inflammation reaction in metabolism-type PCCs and activation of FGF signaling in the kinase-type PCC. Although multispectral immunofluorescence staining showed a lack of CD8+ T cell infiltration in both metabolism-type and kinase-type PCCs, only the kinase-type PCC exhibited downregulation of HLA-I molecules that possibly regulated by RET, suggesting the potential of combined therapy with kinase inhibitors and immunotherapy for kinase-type PCCs; in contrast, the application of immunotherapy to metabolism-type PCCs (with antigen presentation ability) is likely unsuitable. Our study presents a single-cell transcriptomics-based molecular classification and microenvironment characterization of PCCs, providing clues for potential therapeutic strategies to treat PCCs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».