Response of a Model Microbiologically Influenced Corrosion Community to Biocide Challenge
Notice bibliographique
Résumé
A model community consisting of four species was developed to represent clades of metabolism commonly found in microbiologically influenced corrosion including a sulfate reducer (Desulfovibrio vulgaris), an iron oxidizer (Geoalkalibacter subterraneus), a nitrate reducer (Thauera aromatica), and a biofilm pioneering organism (Pseudomonas putida). This community was grown in parallel in a CDC Biofilm Reactor (CBR), and both planktonic and sessile communities (grown on carbon steel coupons) were monitored using optical density, adenosine triphosphate (ATP activity), DNA concentrations, and 16S rRNA targeted quantitative PCR (qPCR). One CBR was challenged with low concentration of a biocide (THPS or BAC) for seven days, then media was flushed, and the community was allowed to recover. The other CBR was used as a biocide-free control and monitored identically. A set of custom primers targeting multidrug resistance efflux pump (MDREP) genes which provide resistance to the biocide(s) were developed and used to track the level of these genes in the two sessile communities to determine if any of these MDREP targets changes in abundance in the community because of the biocide challenge. MDREP abundance was determined by comparing raw copy numbers of the MDREP genes to 16S rRNA genes. As the MDREP genes are frequently located on mobile genetic elements, they can move and/or replicate within and between genomes of neighboring cells. An increase in the MDREP/16S rRNA gene ratios suggests a genetic response of the community in response to the biocide. These genetic targets can then serve as markers in environmental samples for potential predisposition toward increased tolerance toward different biocides, thus improving biocide treatment programs before application.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».