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Enregistrement W4391845844 · doi:10.1164/rccm.202309-1551oc

Longitudinal Lower Airway Microbial Signatures of Acute Cellular Rejection in Lung Transplantation

2024· article· en· W4391845844 sur OpenAlexfundno aff
Jake G. Natalini, Kendrew Wong, N. Nelson, Benjamin G. Wu, D. Rudym, Melissa Lesko, Seema Qayum, Tyler Lewis, Adrian Wong, Stephanie H. Chang, Justin Chan, Travis C. Geraci, Yonghua Li, Chan Wang, Huilin Li, P. Pamar, Joseph Schnier, Ian Mahoney, Tahir Malik, Fares Darawshy, Imran Sulaiman, Matthias C. Kugler, Rajbir Singh, Destiny Collazo, Miao Chang, Shrey Patel, Yaa Kyeremateng, Colin McCormick, C.R. Barnett, Jun-Chieh J. Tsay, Shari B. Brosnahan, Shivani Singh, Harvey I. Pass, Luis F. Angel, Leopoldo N. Segal

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Respiratory and Critical Care Medicine · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTransplantation: Methods and Outcomes
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesU.S. National Library of MedicineNational Institute of Environmental Health SciencesStony Wold-Herbert FundNational Cancer InstituteYork UniversityNational Institute of General Medical Sciences
Mots-clésLung transplantationMedicineMicrobiomeTransplantationPrevotellaAirwayLungVeillonellaImmunologyBiomarkerInternal medicineBiologyBioinformaticsSurgery

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Rationale Acute cellular rejection (ACR) after lung transplant is a leading risk factor for chronic lung allograft dysfunction. Prior studies have demonstrated dynamic microbial changes occurring within the allograft and gut that influence local adaptive and innate immune responses. However, the lung microbiome’s overall impact on ACR risk remains poorly understood. Objectives To evaluate whether temporal changes in microbial signatures were associated with the development of ACR. Methods We performed cross-sectional and longitudinal analyses (joint modeling of longitudinal and time-to-event data and trajectory comparisons) of 16S rRNA gene sequencing results derived from lung transplant recipient lower airway samples collected at multiple time points. Measurements and Main Results Among 103 lung transplant recipients, 25 (24.3%) developed ACR. In comparing samples acquired 1 month after transplant, subjects who never developed ACR demonstrated lower airway enrichment with several oral commensals (e.g., Prevotella and Veillonella spp.) than those with current or future (beyond 1 mo) ACR. However, a subgroup analysis of those who developed ACR beyond 1 month revealed delayed enrichment with oral commensals occurring at the time of ACR diagnosis compared with baseline, when enrichment with more traditionally pathogenic taxa was present. In longitudinal models, dynamic changes in α-diversity (characterized by an initial decrease and a subsequent increase) and in the taxonomic trajectories of numerous oral commensals were more commonly observed in subjects with ACR. Conclusions Dynamic changes in the lower airway microbiota are associated with the development of ACR, supporting its potential role as a useful biomarker or in ACR pathogenesis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,513
Score d'incertitude au seuil0,390

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,336
Écart entre enseignants0,321 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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