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Enregistrement W4391873020 · doi:10.1101/2024.01.30.578082

Single-Cell Peripheral Immunoprofiling of Lewy Body Disease in a Multi-site Cohort

2024· preprint· en· W4391873020 sur OpenAlexaff
Thanaphong Phongpreecha, Kavita Mathi, Brenna Cholerton, Eddie J. Fox, Natalia Sigal, Camilo Espinosa, S. Momsen Reincke, Philip Chung, L.-J. Hwang, Chandresh R. Gajera, Eloïse Berson, Amalia Perna, Feng Xie, Chi-Hung Shu, Debapriya Hazra, Divya Channappa, Jeffrey Dunn, Lucas Kipp, Kathleen L. Poston, Kathleen S. Montine, Holden T. Maecker, Nima Aghaeepour, Thomas J. Montine

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueNeuroinflammation and Neurodegeneration Mechanisms
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesNational Institute on Aging
Mots-clésLewy bodyDementia with Lewy bodiesDementiaImmune systemDiseasePeripheral blood mononuclear cellPeripheralMedicineFlow cytometryCellPathologyImmunologyBiologyInternal medicineIn vitroGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Studies implicated peripheral organs involvement in the development of Lewy body disease (LBD), a spectrum of neurodegenerative diagnoses that include Parkinson’s Disease (PD) without or with dementia (PDD) and dementia with Lewy bodies (DLB). This study characterized peripheral immune responses unique to LBD at single-cell resolution. Peripheral mononuclear cell (PBMC) samples were collected from sites across the U.S. The diagnosis groups comprise healthy controls (HC, n=164), LBD (n=132), Alzheimer’s disease dementia (ADD, n=98), other neurodegenerative disease controls (NDC, n=21), and immune disease controls (IDC, n=14). PBMCs were activated with three stimulants, stained by surface and intracellular signal markers, and analyzed by flow cytometry, generating 1,184 immune features. Our model classified LBD from HC with an AUROC of 0.90±0.06. The same model distinguished LBD from ADD, NDC, IDC, or other common conditions associated with LBD. Model predictions were driven by pPLCγ2, p38, and pSTAT5 signals from specific cell populations and activations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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