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Enregistrement W4391873379 · doi:10.1093/jcag/gwad061.185

A185 A GUT MICROBIOME TRANSITION: THE JOURNEY FROM INDIA TO CANADA

2024· article· en· W4391873379 sur OpenAlexafffundabout
L D D'Aloisio, Natasha Haskey, Nijiati Abulizi, Jacqueline A. Barnett, Vignesh Shetty, Ushasi Bhaumik, Mamatha Ballal, Sanjoy Ghosh, Deanna L. Gibson

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of British Columbia, Okanagan CampusUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaKillam Trusts
Mots-clésMicrobiomeGut microbiomeTransition (genetics)Evolutionary biologyGeographyBiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Young Indian immigrants and Indo-Canadians face a significantly higher risk of inflammatory bowel disease (IBD) in westernized countries. While the etiology of IBD remains unclear, a gut microbiome that is no longer symbiotic with its host is a key player. However, Indians are underrepresented in microbiome research, therefore we cannot accurately assess the role of their gut microbiome in IBD. To understand why Indians are at a greater risk for IBD in Canada, we must first characterize their gut microbiome. Aims This study explores how immigration to Canada impacts the gut microbiome of Indian populations, potentially elevating their risk to IBD. Methods Stool samples from healthy volunteers (ages 17-53) were collected from Indians in India, Indo-Immigrants, Indo-Canadians, Euro-Canadians and Euro-Immigrants. DNA was extracted for 16S sequencing on the Illumina MiSeq platform and shotgun sequencing on the Illumina NovaSeq platform. Dietary data was processed in ESHA. Results Weighted Unifrac revealed distinct clusters of Indian and Indo-Immigrant samples from the westernized cohorts. The most pronounced difference was between Indian and Euro-Canadians with a pseudo-F value of 49.18 (q = 0.00125). Indian versus Indo-Immigrants resulted in a pseudo-F value of 7.707 (q = 0.00125), and Indian versus Indo-Canadian had a pseudo-F value of 15.95 (q = 0.00125). BugBase estimated a significantly higher stress tolerance in the Indian gut, with Proteobacteria driving this phenotypic prediction. Compared to Euro-Canadians, a significantly higher pathogenic potential was predicted in Indians (pFDR= 1.04e-11) and Indo-Immigrants (pFDR= 1.41e-04), driven mainly from Proteobacteria and Bacteroidetes. Multiple comparisons with LDA revealed Prevotella was over 5 times more abundant in Indians residing in India. The gut microbiome in Indians were also enriched with taxa associated with a plant-based diet. Dietary data showed that 59% of Indians do not consume meat, and they also had the lowest consumption (12% caloric intake) of group 4 ultra-processed food (UPF), whereas the highest consumption of UPF was in Indo-Canadians (61% caloric intake) (pbonf ampersand:003C 0.0001). A frequent trend was observed in Indians living in Canada, which was a reduction in key nutrients including soluble fiber, zinc, iron, and folate, some of which are commonly found in plant-based foods. Conclusions Overall findings reveal that a loss of Prevotella abundance was observed in Indo-Immigrants and Indo-Canadians, which was associated with a reduction in key nutrients that are common to a plant-based diet, indicating a transition away from their traditional diet. Their dietary changes may be a driver to the displacement of Prevotella and other taxa commonly found in the Indian gut microbiome. Funding Agencies NSERC, Killam

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,041
Score d'incertitude au seuil0,295

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,004
Études des sciences et des technologies0,0150,003
Communication savante0,0060,001
Science ouverte0,0010,004
Intégrité de la recherche0,0010,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,208
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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