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Enregistrement W4391873714 · doi:10.1093/jcag/gwad061.001

A1 PRE-CLINICAL CROHN’S DISEASE MICROBIOME PROMOTES INFLAMMATION IN GNOTOBIOTIC RECIPIENT MICE

2024· article· en· W4391873714 sur OpenAlexaff
Christine M. Dang, Alice Chen-Liaw, Andrew A. Luchak, Irwindeep Sandhu, Kun Mu, Meilan Xue, S Lee, Ilaria Mogno, Catherine Streutker, G J Britton, J Faith, Williams Turpin, Kenneth Croitoru

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInflammatory Bowel Disease
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCrohn's diseaseMicrobiomeInflammationDiseaseImmunologyMedicineBiologyPathologyBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Background Crohn’s disease (CD) is a chronic disorder of unknow etiology. We recently demonstrated that microbiome composition is associated with the risk of CD development; however, its potential causal effect remains unknown. Aims Given the fact that first-degree relatives (FDRs) that are sibling likely to share similar environmental and genetic makeup, we selected pairs of discordant siblings (one remaining healthy referred to as healthy matched control-HMC, and the other who developed CD later on referred to as pre-CD) to investigate whether the microbiome contributes to or triggers dysregulated immune response by transplanting microbiome from them into germ-free mice (GFM). Methods Faecal samples from discordant siblings, recruited as part of the CCC-GEM project, a cohort of prospectively followed healthy first-degree relatives, were transplanted into RAG1-/- GFM before T-cell transfer-induced colitis. Fecal Lipocalin-2 (LCN-2) was measured by ELISA to assess gut inflammation. Body weight was monitored for 6 weeks after T-cell transfer. Intestinal tissue damage was assessed by histology scoring (PMID: 8623920). Pro-inflammatory cytokine gene profile of ileum and colon tissue was measured by qPCR. R-software was used for statistical analysis. Results Our results showed that mouse recipients of pre-CD microbiota experienced more weight loss than HMC group, with a greater difference observed in the second week after inducing colitis (p=0.0019). LCN-2 of pre-CD mice was significantly higher after T-cell transfer for 3 weeks. Intriguingly, pre-CD stool recipient mice had higher histological damage score in the ileum (p=0.025). Histological analysis revealed that granulomatous inflammation, mucin depletion, crypt loss were greater in pre-CD group (p≤0.05). Pre-CD stool promoted the expression of selected pro-inflammatory cytokine genes in the ileum with significant increases of TNFα, IL-1β, IFNγ, IL10 and TGFβ compared to mice that received HMC microbiome. Colonic tissue showed significant increases in TNFα and TGFβ in the mice recipient of the pre-CD microbiome. Conclusions These results suggests that pre-CD microbiome can worsen T cell transfer colitis in mice compared to HMC microbiome. This suggests that microbiome or other constituents of stool from pre-CD subjects are major contributors to the onset of disease. Modulating pre-CD microbiome composition could lead to novel methods to prevent CD onset. Funding Agencies CCC, CIHRWeston Family Foundation, Helmsley, Biocodex

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,024

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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