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Enregistrement W4391884376 · doi:10.1038/s41592-024-02197-7

OpenMS 3 enables reproducible analysis of large-scale mass spectrometry data

2024· letter· en· W4391884376 sur OpenAlexafffund
Julianus Pfeuffer, Chris Bielow, Samuel Wein, Kyowon Jeong, Eugen Netz, Axel Walter, Oliver Alka, Lars Nilse, Pasquale Colaianni, Douglas McCloskey, Jihyung Kim, George Rosenberger, Leon Bichmann, Mathias Walzer, J. Veit, Bertrand Boudaud, Matthias Bernt, Nikolaos Patikas, Matteo Pilz, Michał Startek, Svetlana Kutuzova, Lukas Heumos, Joshua Charkow, Justin Sing, Ayesha Feroz, Arslan Siraj, Hendrik Weisser, Tjeerd M. H. Dijkstra, Yasset Pérez‐Riverol, Hannes Röst, Oliver Kohlbacher, Timo Sachsenberg

Notice bibliographique

RevueNature Methods · 2024
Typeletter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolomics and Mass Spectrometry Studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesHorizon 2020 Framework ProgrammeDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean CommissionGenome CanadaOntario GenomicsGovernment of CanadaWellcome TrustGerman Network for Bioinformatics InfrastructureOntario Genomics Institute
Mots-clésMass spectrometryScale (ratio)ChemistryChromatographyPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesIntégrité de la recherche
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,662
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0010,003
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,386
Écart entre enseignants0,358 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations63
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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