A Test to Comprehensively Capture the Known Genetic Component of Familial Pulmonary Fibrosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The recent European Respiratory Society statement on familial pulmonary fibrosis supports the need for genetic testing in the care of patients and their relatives. However, no solution (i.e., a concrete test) was provided to implement genetic testing in daily practice. Herein, we tabulated and standardized the nomenclature of 128 genetic variants in 20 genes implicated in adult-onset pulmonary fibrosis. The objective was to develop a laboratory-developed test (LDT) on the basis of standard Sanger sequencing to capture all known familial pulmonary fibrosis–associated variants. Targeted DNA fragments were amplified using harmonized PCR conditions to perform the LDT in a single 96-well plate. The new genetic test was evaluated in 62 sporadic cases of idiopathic pulmonary fibrosis. As expected in this population, we observed a low yield of disease-causing mutations. More important, 100% of targeted variants by the LDT were successfully evaluated. Furthermore, four variants of uncertain significance with in silico–predicted deleterious scores were identified in three patients, suggesting novel pathogenic variants in genes known to cause idiopathic pulmonary fibrosis. Finally, the MUC5B promoter variant rs35705950 was strongly enriched in these patients with a minor allele frequency of 41.1% compared with 10.6% in a matched population-based cohort (n = 29,060), leading to an estimation that this variant may explain up to 35% of the population-attributable risk. This LDT provides a solution for rapid clinical translation. Technical laboratory details are provided so that specialized pulmonary centers can implement the LDT in house to expedite the clinical recommendations of expert panels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».