SARS-CoV-2 Omicron XBB lineage spike structures, conformations, antigenicity, and receptor recognition
Notice bibliographique
Résumé
A recombinant lineage of the SARS-CoV-2 Omicron variant, named XBB, appeared in late 2022 and evolved descendants that successively swept local and global populations. XBB lineage members were noted for their improved immune evasion and transmissibility. Here, we determine cryo-EM structures of XBB.1.5, XBB.1.16, EG.5 and EG.5.1 spike (S) ectodomains to reveal reinforced 3-RBD-down receptor inaccessible closed states mediated by interprotomer receptor binding domain (RBD) interactions previously observed in BA.1 and BA.2. Improved XBB.1.5 and XBB.1.16 RBD stability compensated for stability loss caused by early Omicron mutations, while the F456L substitution reduced EG.5 RBD stability. S1 subunit mutations had long-range impacts on conformation and epitope presentation in the S2 subunit. Our results reveal continued S protein evolution via simultaneous optimization of multiple parameters including stability, receptor binding and immune evasion, and the dramatic effects of relatively few residue substitutions in altering the S protein conformational landscape.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».