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Enregistrement W4391917577 · doi:10.1101/2024.02.16.580448

Longer scans boost prediction and cut costs in brain-wide association studies

2024· preprint· en· W4391917577 sur OpenAlexaff
Leon Qi Rong Ooi, Csaba Orbán, Shaoshi Zhang, Thomas E. Nichols, Trevor Wei Kiat Tan, Ru Kong, Scott Marek, Nico U.F. Dosenbach, Timothy O. Laumann, Evan M. Gordon, Kwong Hsia Yap, Fang Ji, Joanna Su Xian Chong, Christopher Chen, Lijun An, Nicolai Franzmeier, Sebastian Kraus, Qingyu Hu, Jianxun Ren, Hesheng Liu, Sidhant Chopra, Carrisa V. Cocuzza, Justin T. Baker, Juan Zhou, Danilo Bzdok, Simon B. Eickhoff, Avram J. Holmes, B.T. Thomas Yeo

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensMcGill UniversityMila - Quebec Artificial Intelligence InstituteMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilMcDonnell Center for Systems NeuroscienceNational Institutes of HealthNational Medical Research CouncilNational Research FoundationTemasek FoundationNational Research Foundation SingaporeAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNational Supercomputing Centre SingaporeNational Institute of Mental HealthPfizerNovartis Pharmaceuticals CorporationServier
Mots-clésSample size determinationNeuroimagingDuration (music)ReplicateLogarithmSample (material)Statistical powerStatisticsContext (archaeology)EconometricsMagnetic resonance imagingFunctional magnetic resonance imagingScale (ratio)Computer sciencePsychologyMathematicsMedicineNeuroscienceBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract A pervasive dilemma in brain-wide association studies (BWAS) is whether to prioritize functional MRI (fMRI) scan time or sample size. We derive a theoretical model showing that individual-level phenotypic prediction accuracy increases with sample size and total scan duration (sample size × scan time per participant). The model explains empirical prediction accuracies extremely well across 76 phenotypes from nine resting-fMRI and task-fMRI datasets (R 2 = 0.89), spanning a wide range of scanners, acquisitions, racial groups, disorders and ages. For scans ≤20 mins, prediction accuracy increases linearly with the logarithm of total scan duration, suggesting interchangeability of sample size and scan time. However, sample size is ultimately more important than scan time in determining prediction accuracy. Nevertheless, when accounting for overhead costs associated with each participant (e.g., recruitment costs), to boost prediction accuracy, longer scans can yield substantial cost savings over larger sample size. To achieve high prediction performance, 10-min scans are highly cost inefficient. In most scenarios, the optimal scan time is ≥20 mins. On average, 30-min scans are the most cost-effective, yielding 22% cost savings over 10-min scans. Overshooting is cheaper than undershooting the optimal scan time, so we recommend aiming for ≥30 mins. Compared with resting-state whole-brain BWAS, the most cost-effective scan time is shorter for task-fMRI and longer for subcortical-cortical BWAS. Standard power calculations maximize sample size at the expense of scan time. Our study demonstrates that optimizing both sample size and scan time can boost prediction power while cutting costs. Our empirically informed reference is available for future study planning: WEB_APPLICATION_LINK

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,059
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche, Méta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,339
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,059
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,252
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations30
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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