Complete genome characterization of foot-and-mouth disease virus My-466 belonging to the novel lineage O/ME-SA/SA-2018
Notice bibliographique
Résumé
Foot-and-mouth disease virus (FMDV), the causative agent of the foot-and-mouth disease of cattle population possesses a rapid evolutionary rate. In Bangladesh, the first circulation of the O/ME-SA/SA-2018 lineage as a novel sublineage, MYMBD21 was reported from our laboratory. The first whole genome sequence of an isolate, BAN/MY/My-466/2021 (shortly named My-466) of the SA-2018 lineage is characterized and represented in this study. The genome is 8216 nucleotides long with 6996 nucleotides open reading frame flanked by 5ꞌ UTR (1-1100) and 3ꞌ UTR (8097-8216). VP1 was found to be highly variable among the structural proteins with crucial mutations in the major antigenic region, G-H loop. Structural variations of the VP1 against both field and proposed local vaccine strains were evidenced by the G-H loop displacement in a superimposed 3D model. The complete genome information of the isolate would be valuable for undertaking proper control measures needed to limit the spread of the newly emerged FMDV strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».