DNA Methylation Subgroup and CNV Predict Response to Radiotherapy
Notice bibliographique
Résumé
Background: Chordomas are rare aggressive primary bone cancers affecting the skull-base and spine. Standard of care treatment includes radical surgical resection and radiotherapy. Despite this, the overall survival at 10 years is only 40%, with most patients experiencing disease recurrence. Radiotherapy is a cornerstone in the treatment of chordomas, however the impact of radiotherapy remains incompletely described: not all patients appear to benefit, and many studies fail to replicate the finding of improvement in overall survival. Herein, we utilized our previously described DNA Methylation subgroups to examine sensitivity to radiation. Methods: We utilized a well annotated dataset of 68 patients from a multi-institutional 20-year series who had undergone whole genome DNA methylation profiling on the Illumina EPIC array. Copy number variance (CNVs) were extracted from the raw methylation data after normalization, with median intensity values calculated and converted to amplification and deletions defined as a log2 copy number ratio of over .3. Multivariable cox analysis and Kaplan Meyer analysis were then completed. Results: Within our cohort we found that patients with a cellular molecular subtype who had received radiation had a significantly improved overall survival on cox multivariate analysis (median survival 17.3 years, p = 0.0208) when compared to patients with a immune-infiltrative (median survival 6.0 years). The favorable nature of the cellular molecular subtype appeared to diminish if radiation was not given (median survival 1 year). This improvement in survival did not appear to be fully explained by simply delayed progression, as progression-free survival between irradiated immune-infiltrative and cellular subtypes did not differ significantly (p = 0.65). A panel of 30 target genes were investigated through CNV analysis for association with this phenomenon, for which 3 were identified: FGFR-1 heterozygous deletion ( p = 1.74e-6), GLI2 heterozygous deletion ( p = 0.0103) and KRAS homozygous amplification ( p = 0.0134). Conclusion: Overall, molecular subtype predicted through DNA methylation influenced the response to radiotherapy: patients with a cellular subtype have improved survival overall, which appears to be partially mediated through response to and enhanced response to radiotherapy which does not appear to be shared with their immune-infiltrative counterparts. Moreover, three target genes have been identified as potential targets that may be exploited to improve potentiate radiosensitivity in chordoma. Publication History Article published online: 05 February 2024 © 2024. Thieme. All rights reserved. Georg Thieme Verlag KG Rüdigerstraße 14, 70469 Stuttgart, Germany
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».