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Enregistrement W4392110421 · doi:10.1038/s41467-024-45357-1

Influence of microbiota-associated metabolic reprogramming on clinical outcome in patients with melanoma from the randomized adjuvant dendritic cell-based MIND-DC trial

2024· article· en· W4392110421 sur OpenAlexaff
Carolina Alves Costa Silva, Gianmarco Piccinno, Déborah Suissa, Mélanie Bourgin, Gerty Schreibelt, Sylvère Durand, Roxanne Birebent, Marine Fidelle, Cissé Sow, Fanny Aprahamian, Paolo Manghi, Michal Punčochář, Francesco Asnicar, Federica Pinto, Federica Armanini, Safae Terrisse, Bertrand Routy, Damien Drubay, Alexander Eggermont, Guido Kroemer, Nicola Segata, Laurence Zitvogel, Lisa Derosa, Kalijn F. Bol, I. Jolanda M. de Vries

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Immunotherapy and Biomarkers
Établissements canadiensCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesLabex Immuno-OncologyFondation Gustave RoussyInstitut Gustave-RoussyRadboud Universitair Medisch CentrumInstitut Universitaire de FranceLigue Contre le CancerFondation pour la Recherche MédicaleZonMwInstitut National Du CancerInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleAgence Nationale de la RechercheUniversité de ParisDirection Générale de l’offre de SoinsSeerave FoundationAssociation pour la Recherche sur le CancerEuropean CommissionCentre National de la Recherche ScientifiqueRadboud UniversiteitEquipex
Mots-clésFaecalibacterium prausnitziiMelanomaRandomized controlled trialMedicineInternal medicineAdjuvantMicrobiomePlaceboOncologyMetabolomicsImmune systemImmunotherapyGastroenterologyImmunologyGut floraCancer researchBioinformaticsBiologyPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tumor immunosurveillance plays a major role in melanoma, prompting the development of immunotherapy strategies. The gut microbiota composition, influencing peripheral and tumoral immune tonus, earned its credentials among predictors of survival in melanoma. The MIND-DC phase III trial (NCT02993315) randomized (2:1 ratio) 148 patients with stage IIIB/C melanoma to adjuvant treatment with autologous natural dendritic cell (nDC) or placebo (PL). Overall, 144 patients collected serum and stool samples before and after 2 bimonthly injections to perform metabolomics (MB) and metagenomics (MG) as prespecified exploratory analysis. Clinical outcomes are reported separately. Here we show that different microbes were associated with prognosis, with the health-related Faecalibacterium prausnitzii standing out as the main beneficial taxon for no recurrence at 2 years (p = 0.008 at baseline, nDC arm). Therapy coincided with major MB perturbations (acylcarnitines, carboxylic and fatty acids). Despite randomization, nDC arm exhibited MG and MB bias at baseline: relative under-representation of F. prausnitzii, and perturbations of primary biliary acids (BA). F. prausnitzii anticorrelated with BA, medium- and long-chain acylcarnitines. Combined, these MG and MB biomarkers markedly determined prognosis. Altogether, the host-microbial interaction may play a role in localized melanoma. We value systematic MG and MB profiling in randomized trials to avoid baseline differences attributed to host-microbe interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,347
Écart entre enseignants0,321 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations29
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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