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Enregistrement W4392111183 · doi:10.1128/jcm.01531-23

This is giving me a complex: a practical attempt to streamline nontuberculous mycobacteria nomenclature for clinical purposes

2024· letter· en· W4392111183 sur OpenAlexaff
Nancy L. Wengenack, Barbara A. Brown‐Elliott, Nicole Parrish, Max Salfinger, Christine Y. Turenne, Richard J. Wallace, Adrian M. Zelazny

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Microbiology · 2024
Typeletter
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMycobacterium research and diagnosis
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésNontuberculous mycobacteriaNomenclatureMycobacterium avium complexMedicineMicrobiologyMycobacterium InfectionsComputational biologyMycobacteriumBiologyTuberculosisPathologyTaxonomy (biology)Zoology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Or as a preliminary report: M. abscessus (subspecies identification will follow) Or if the subspecies has been unambiguously identified, report as: M. abscessus subsp.abscessus, or M. abscessus subsp.bolletii, or M. abscessus subsp.massiliense M. abscessus complex is technically erroneous when used to represent the 3 subspecies of M. abscessus because "complex" implies more than one species.M. abscessus species may be technically correct but its use should be avoided as it is unclear to most health care providers as to whether this means ≥1 species or if it includes all 3 subspecies.If used, it should be footnoted in the report that it refers to all 3 subspecies, and subspecies identification is available upon request.M. abscessus/M.chelonae complex should not be used since available laboratory methods allow for differentiation of M. abscessus subspecies and M. chelonae, and differentiation is clinically important. M. avium complex (8)M. avium subsp.avium "M.avium subsp.hominissuis" M. avium subsp.paratuberculosis M. avium subsp.silvaticum

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,068
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Éditorial · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,077
Score d'incertitude au seuil0,049

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,068
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0090,007
Communication savante0,0110,010
Science ouverte0,0020,005
Intégrité de la recherche0,0770,084
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,010

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,191
Tête enseignante GPT0,504
Écart entre enseignants0,313 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreÉditorial

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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