GENETIC DIVERSITY OF STRAWBERRY MOTTLE VIRUS BASED ON CP GENE
Notice bibliographique
Résumé
The strawberry mottle virus (SMoV) is a huge threat to the strawberry production, which seriously reduces the productivity of strawberries. The systematic study on the distribution, structural variation and genetic diversity of SMoV is useful for the prevention and control of SMoV. In this study, 159 strawberry leaves were randomly collected from 7 major strawberry growing areas in Shanxi Province for RT-PCR detection. The cp genes of positive samples were sequenced and analyzed through MEGA5, SDTv 1.2, DnaSP v5.10 and RDP v.4.31. RT-PCR detection showed that 65 samples of the 159 strawberry leaves were positive with a detection rate of 38.46%. The 65 positive samples were isolated, sequenced, and cloned to obtain three SMoV isolates. The phylogenetic tree analysis showed the 25 SMoV isolates were divided into three groups with group 1 containing 14 isolates from China, group 2 containing 10 isolates from Canada, Japan, and the United States, and group 3 containing 1 isolate from Japan. The results of selective pressure analysis and neutrality test in group 1 and group 2 showed that there were significant genetic differences between group 1 and group 2. The negative selection pressure maybe the reason for the genetic diversity of SMoV. Sequence similarity analysis displayed that the nucleotide identity range and the consistency range of amino acids was ranged from 94.68% to 99.53%, while from 98.12% to 99.84% for amino acids. This study demonstrated that SMoV was of high genetic variation, and the negative selection pressure may be the cause of SMoV genetic diversity, which provides theoretical guidance for SMoV in Shanxi.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».