In search of lost ergots: phylogenetic re-evaluation of Claviceps species in Japan and their biogeographic patterns revealed-SUPP files
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary files. Fig. S1. Cultures of Claviceps spp. Three-point inoculation on petri dishes (52 mm diam) with 5 mL T2 agar (sucrose 100 g, l-asparagine 10 g, yeast extract 0.1 g, KH2PO4 0.25 g, MgSO4·7H2O 0.25 g, FeSO4·7H2O 0.02 g, ZnSO4·7H20 0.015 g, KCI 0.12 g, Ca(NO3)2·4H2O 1.0 g, agar 20 g; pH 5.2, 1000 mL). The plates were incubated in dark at 20 °C for 20 days. The morphology of ergot colonies is an unstable feature as it often changes with age. The colonies of the same isolates were shown with a light blue background. T = ex-type, NT = ex-neotype, ET = ex-epitype. Fig. S2. Maximum likelihood phylogenetic tree based on each gene (LSU, TEF-1α, Mcm7, TUB2 and RPB2). Bootstrap (BS) support values from ML and MP analyses are shown at branch (MLBS/MPBS). MLBS < 50 are not shown. Culture collection number or specimen numbers, country code and host genus name are presented after the species name. Ergots analysed in this study are in bold. Ergots collected in Japan are marked by the yellow boxes. The scale represents the number of nucleotide substitutions per site. T = ex-type, NT = ex-neotype, ET = ex-epitype. Abbreviated country code; ARG = Argentina, AU = Australia, BELG = Belgium, BOTSW = Botswana, BRA = Brazil, CA = Canada, CZ = Czech Republic, FRA = France, GER = Germany, IND = India, JA = Japan, KAZ = Republic of Kazakhstan, LIT = Lithuania, MEX = Mexico, SA = South Africa, SWI = Switzerland, THAI = Thailand, UK = United Kingdom, USA = United States of America, ZW = Zimbabwe. Table S1. Nucleotide sequences of primers used in this study.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».